Trascorso il tempo di macerazione estrarre la ciotola dal frigorifero e travasare tutto in un tegame. Cuocere le ciliegie per una mezz'ora a fiamma bassa, deve sobbollire.. Si formerà una schiuma che va eliminata con la schiumarola.
La frutta impiegherà 10-15 minuti ad ammorbidirsi, dopodiché spegnere il fuoco, eliminare le scorze di limone e ridurre in purea il tutto usando il passaverdure. Volendo se ne possono togliere alcuni mestoli e riaggiungerli dopo, per avere un effetto meno liscio.
Rimettere tutto sul fuoco e far cuocere a fiamma media fino a 105°C. Poi aggiungere le ciliegie tenute da parte e spegnere il fuoco. Far cadere alcune gocce di confettura su un piattino inclinato, se la confettura cola velocemente, deve cuocere ancora, se cola lentamente e si ferma quasi subito, è pronta. Riempire i vasetti sterilizzati, chiuderli e capovolgerli fino a raffreddamento.